Mô sau đó được chuẩn bị để xem dưới kính hiển vi sử dụng phương pháp cố định hóa học hoặc phần đông lạnh.

Nếu một lượng mẫu lớn được cung cấp, ví dụ từ quy trình phẫu thuật thì nhà nghiên cứu bệnh học sẽ xem xét mẫu mô và chọn phần có khả năng mang lại chẩn đoán chính xác và hữu ích - phần này được loại bỏ để kiểm tra trong một quy trình thường được gọi là cắt hoặc cắt. Các mẫu lớn hơn được cắt để xác định chính xác cấu trúc giải phẫu của chúng trong băng cassette. Một số mẫu vật (đặc biệt là sinh thiết) có thể trải qua quá trình nhúng trước agar để đảm bảo định hướng mô chính xác trong băng cassette và sau đó trong khối & sau đó trên phiến kính hiển vi chẩn đoán. Mẫu vật sau đó được đặt vào một hộp nhựa cho hầu hết các phần còn lại của quá trình.